En la Sección de Estudios de Posgrado e Investigación de la Escuela Superior de Medicina se desarrollan proyectos de investigación los cuales están registrados ante la Secretaría de Investigación y Posgrado del Instituto Politécnico Nacional estos proyectos suman más de cincuenta y todos ellos cuentan con recursos para su desarrollo; además la Sección también cuenta con proyectos los cuales tienen recursos de otras instituciones como CONACYT e IC y TDF, entre otros. Los proyectos se corresponden a cada una de las líneas de investigación de los profesores adscritos a la Sección de Posgrado e Investigación de la Escuela Superior de Medicina.